En este trabajo se estiman y analizan los flujos de nitrógeno en los distintos compartimentos del sistema agroalimentario español a tres escalas de sistema (cultivos, ganadería y sistema agroalimentario) y dos escalas espaciales (provincia y país) durante 26 años (1990-2015). La eficiencia de nitrógeno ha mejorado en algunos sistemas de cultivo y ganaderos. Sin embargo, la contaminación por compuestos nitrogenados apenas ha disminuido. Se han clasificado las provincias españolas en cuatro tipologías en función de la fuente principal de nitrógeno que activa el sistema. Una reconexión entre cultivos y ganadería tiene un gran potencial para mejorar la eficiencia del uso del nitrógeno a escala de sistema haciendo el país más resiliente a subida del precio de los fertilizantes y los piensos.